Carboxylhydrogenatomer af eddikesyre kan delvis ioniseres i hydrogenioner (protoner) og frigøres, hvilket resulterer i surhedsgraden af carboxylsyren. Eddikesyre er en svag syre i den vandige opløsning med en surhedskoefficient på 4,8, pKa=4,75 (25 ° C) og en 1 mol / l eddikesyreopløsning (svarende til koncentrationen af husholdningseddike) med en pH på 2,4, hvilket betyder, at kun 0,4% eddikesyremolekylet er dissocieret.
Krystallstrukturen af iseddike viser, at molekylerne kombineres til dimerer (også kaldet di-associerede) gennem hydrogenbinding, og dimerer findes også i damptilstand ved 120 ° C. Dimeren har en højere stabilitet. Metoden til bestemmelse af molekylvægt og røntgenstrålediffraktion er blevet bevist ved frysepunktreduktion. Carboxylsyrerne med lavere molekylvægte, såsom myresyre og eddikesyre, findes i fast og flydende tilstand og endda i gasform i form af dimer. Når eddikesyre og vand opløses, brydes hydrogenbindingen mellem dimerer hurtigt. Andre carboxylsyrer har lignende dimeriseringsfenomener.